Christophe Lemaitre naît à Annecy en Haute-Savoie le 11 juin 1990, mais il passe sa jeunesse à Culoz, ville du Bugey dans l'Ain⁷. De nature timide et introvertie, il passe une enfance plutôt difficile et confiera plus tard à L'Équipe qu' « il en a [alors] pris plein la gueule » ; choisi dans les derniers dans les équipes en cours de sport et moqué par ses camarades, il devient un temps le bouc émissaire de sa classe⁸. Bien qu'il admette que « c'était dur », il nie connaître les causes de cet ostracisme⁸. Il rapportera ensuite qu'il « fonctionnait beaucoup par rapport au regard des autres » et qu'il « n'avait pas les armes pour lutter contre les moqueries » de ses camarades⁸.